近世の遺産は比較的多い。平戸往還は多くの区間で生活道路となっており、早岐地区の石畳や鍵型町割り、脇崎一里塚の記念碑や左石の伝説など、現在も往時を偲ぶことができる。また幕末に異国船が多数訪れるようになったため、佐世保でも高後崎に高後崎船番所が設置された。

農業の分野では、相浦川流域では溜池灌漑による棚田の整備、相浦川・佐世保川・日宇川の河口や早岐瀬戸沿岸では干拓事業が推進された。前者の例としては郷美谷池、後者の例としては大潟新田が大規模なものである。特に大潟新田の築堤や水門は竣工当時のものが現在も用いられている。また三川内焼初期の工房だった葭之本窯跡なども当時の遺構である。

当時の武士の暮らし向きを伝える史跡としては郡代役所の生垣や楠本端山旧宅がある。